La tradition catholique du Collège et Lycée Saint-Charles, collège de l'Evêque de Bâle est maintenue par deux cours : Histoire des religions et Sciences des religions. Ces matières sont enseignées à tous les niveaux du Collège. Des cours d’Histoire des religions sont d’ailleurs dispensé par l’abbé Jean-Pierre Ndianyama, aumônier de l’école.
Une équipe d'aumônerie est présente pour tous les élèves, qu’ils soient externes ou internes, et propose chaque année des activités à l’occasion de la Saint-Charles. Elle encadre également la préparation de célébrations religieuses avec les élèves tout au long de l’année, comme Noël ou Pâques. Pour beaucoup, c’est l’occasion d’approfondir ses connaissances de la tradition chrétienne et de resserrer les liens autour de valeurs humanistes communes.
L’abbé Jean-Pierre est présent à la pause de midi tous les 15 jours pour rencontrer les élèves. Il intervient régulièrement à l’internat et anime des discussions avec les jeunes.
Trois enseignants complètent cette présence spirituelle. Ils assurent un service d'écoute et d'animation auprès des élèves et des enseignants.
